MEP quy định chất lượng nước, chất lượng không khí xung quanh, chất thải rắn, đất, tiếng ồn, phóng xạ. Trong lĩnh vực hoạt động nghiên cứu và phát triển, MEP đã tài trợ cho một loạt các "Phòng thí nghiệm trọng điểm" ở các vùng khác nhau của đất nước, bao gồm: Phòng thí nghiệm Không gian đô thị Phòng chống ô nhiễm và Kiểm soát Môi trường, Phòng thí nghiệm Môi trường và Sức khoẻ, Phòng thí nghiệm sinh thái công nghiệp, Phòng thí nghiệm về Phục hồi Sinh thái và Rừng Đất ngập nước, và Phòng thí nghiệm về An toàn sinh học.[3]

Ngoài ra, MEP cũng quản lý các trung tâm kỹ thuật và nghiên cứu kỹ thuật liên quan đến bảo vệ môi trường, bao gồm: Trung tâm Kiểm soát Ô nhiễm Công nghiệp Kim loại Màu, Trung tâm Than sạch và Phục hồi Sinh thái Mìn, Trung tâm Kiểm soát Ô nhiễm nước thải Công nghiệp, Trung tâm Khói thải công nghiệp Kiểm soát khí đốt, Trung tâm xử lý chất thải nguy hại và Trung tâm xử lý chất thải rắn và Xử lý các mỏ.[3]

Trung Quốc đang có nhiều khiếu nại về môi trường: Trong năm 2005, đã có 51.000 tranh chấp về ô nhiễm môi trường, theo lời Bộ trưởng SEPA Chu Sinh Hiền. Từ năm 2001 đến năm 2005, các nhà chức trách môi trường Trung Quốc đã nhận được hơn 2.53 triệu thư và 430.000 lượt truy cập bởi 597.000 người yêu cầu tìm cách khắc phục.[4]